Entidades
Instituto de Neurobiología 
El actual Instituto de Neurobiología es heredero de la Escuela Mexicana de Investigación sobre Neurobiología Integrativa, que surge en la década de 1940.
A pesar de una larga tradición mexicana en el estudio de las neurociencias no existía una dependencia universitaria dedicada enteramente a la investigación sobre el sistema nervioso y sus funciones. Por ello, la UNAM decidió crear una institución que reconociera el arraigo de esta disciplina en el país y que impulsara la formación de recursos humanos en dicha área.
Creado en 1993, en el contexto de la "Década del Cerebro" (1990-2000), el Instituto de Neurobiología es producto del reconocimiento de la relevancia de las neurociencias.
La misión del Centro de Geociencias es ser un polo científico líder a nivel nacional y punto de referencia internacional para la investigación y la formación de recursos humanos en áreas estratégicas de las Geociencias, que contribuya a un mejor conocimiento del territorio nacional y al aprovechamiento de sus recursos naturales y la protección del medio ambiente.
Desde su creación (1 de abril de 2002), el Centro de Geociencias ha tenido un crecimiento sostenido en cuanto a número de proyectos financiados, productividad e infraestructura, representando así un polo de atracción importante para estudiantes e investigadores nacionales e internacionales. El personal del Centro de Geociencias se dedica a la investigación básica y aplicada, así como a la docencia y a la divulgación y está organizado en tres áreas de conocimiento
En el Centro de Geociencias se desarrollan proyectos de investigación en varios Estados de la República Mexicana. También se realizan proyectos aplicados para la solución de problemas que afectan a las entidades del centro del país como son: estudios de suelos, riesgos geológicos (sísmico, volcánico, deslaves, agrietamientos, fracturamientos, etc.), estudios de agua subterránea, contaminación de acuíferos y de suelos, prospección (para rellenos sanitarios, vías públicas, infraestructura urbana, carreteras, etc.), entre otros.
Instituto de Ingeniería. Unidad Académica (LIPATA)
La Unidad Académica Juriquilla del Instituto de Ingeniería de la UNAM se encuentra en el Campus Juriquilla de la UNAM, al norte de la ciudad de Santiago de Querétaro. Dentro del Instituto, pertenece a la subdirección de Hidráulica y Ambiental. Comenzó sus operaciones en noviembre de 2007 con un grupo de trabajo que ha laborado en el Instituto de Ingeniería por más de 15 años y que se trasladó de la Ciudad Universitaria. Este grupo de investigación conforma el Laboratorio de Investigación en Procesos Avanzados de Tratamiento de Aguas (LIPATA).
El objetivo del grupo es estudiar los fenómenos, el desarrollo y la concepción de procesos eficaces para el tratamiento de aguas residuales. El enfoque es multidisciplinario y participan profesionales de diversas áreas como ingenieros químicos, civiles, en electrónica, biólogos, químicos, en computación, etc...
El esquema conceptual de trabajo del grupo tiene a los procesos ambientales como eje central y tres disciplinas interactuando para estudiarlos integralmente. La ingeniería de procesos aporta su conocimiento sobre la forma de operación de reactores y las variables a considerar; la teoría de sistemas aporta el modelado matemático y el diseño de controladores automáticos adecuados; la microbiología de biosistemas aporta el estudio de la participación de microorganismos, su ecología y los mecanismos de adaptación.
Centro de Fisica Aplicada y Tecnológia Avanzada
El Centro de Física Aplicada y Tecnología Avanzada (CFATA) de la Universidad Nacional Autónoma de México es un centro de investigación multidisciplinario que cuenta con el Posgrado en Ciencia e Ingeniería de Materiales y con la Licenciatura en Tecnología.